Un consumo poco controllato del tubero però è capace di apportare danni a stomaco e fegato. Le donne in gravidanza, inoltre, dovrebbero prestare particolarmente attenzione, evitando di mangiare tartufo crudo. Questo infatti potrebbe essere contaminato da toxplasma, una sostanza capace di alterare il normale sviluppo del feto. La buccia del tartufo contiene inoltre delle sostanze difficili da digerire per i bambini e i ragazzi al di sotto dei 15-16 anni. Parlando invece di prodotti derivati dal tartufo, come creme, oli o preparati vari, il pericolo è che alcune sostanze e aromi sintetici con i quali vengono lavorati possano risultare tossici a chi ha eventuali allergie o intolleranze. In alcuni casi, specialmente nell'eventualità di consumi esagerati o per chi ha già problemi di salute, potrebbe risultare tossico. Problemi gastrointestinali e un caso sul quale sta indagando anche l'Asl locale, per cercare di chiarire cosa possa aver fatto male agli avventori truffle lovers. Va sottolineato inoltre come tra le quasi 100 varietà di tartufo esistenti ne siano commestibili appena 9.
Tutte le altre, comunque, non è detto che siano necessariamente tossiche e dannose, per quanto alcune di loro potrebbero causare problemi gastrointestinali.
È il caso, per esempio, di chi soffre di gotta: il tartufo potrebbe aumentare la produzione di ulteriore acido urico e urea, peggiorando in questo modo la malattia.
Ciò potrebbe tradursi anche in un problema ai reni, con la formazione di calcoli.